Главной угрозой стабильности в стране может стать радикальное исламистское подполье. По мнению политолога Никиты Мендковича, основная угроза исходит от организаций Хизб-ут-Тахрир, ИДУ и группировки "Джихад".
Большая часть пропагандистских материалов, которая изымается СНБ, производится как раз Исламским движением Узбекистана. И вполне возможен тот сценарий, что в процессе транзита власти будут попытки извне дестабилизировать ситуацию. При этом наносить удары боевики будут пытаться и с территории Афганистана (хотя граница с ним надежно перекрыта узбекской армией), и с территории Кыргызстана, и, возможно, с территории Таджикистана. Главное для нейтрализации этих попыток — межгосударственное сотрудничество.
Менее крупной и опасной угрозой является информационное давление со стороны западных стран — но это привычная угроза и не стоит ожидать от стран Западной Европы и США попыток дестабилизировать ситуацию.
